Phạm Thị Hồng Yến có nhiều công trình khoa học gồm sách, bài báo khoa học, đề tài nghiên cứu khoa học về ngành kinh tế, có thể kể đến các công trình là:

• Hoàng Văn Châu; Phạm Thị Hồng Yến; Lê Thị Thu Hà (2007). Làng nghề du lịch Việt Nam (sách chuyên khảo). Hà Nội: Thống kê.[14]
• Phạm Thị Hồng Yến (2011). An toàn thực phẩm và việc thực thi hiệp định SPS/WTO: Kinh nghiệm quốc tế và giải pháp đối với Việt Nam (sách chuyên khảo). Hà Nội: Thông tin và Truyền thông.[15]
• Hoàng Văn Châu; Phạm Thị Hồng Yến (2014). Hiệp định đối tác xuyên Thái Bình Dương – TPP và vấn đề tham gia của Việt Nam (sách chuyên khảo). Hà Nội: Bách khoa.[16]
• Phạm Thị Hồng Yến (chủ biên, 2015). Hội nhập giáo dục đại học châu Âu: Kinh nghiệm cho ASEAN và Việt Nam (sách chuyên khảo). Hà Nội: Thông tin và Truyền thông.[17]
• Phạm Thị Hồng Yến (2017). Cải thiện môi trường kinh doanh, nâng cao năng lực cạnh tranh Quốc gia trong hội nhập FTA. Hà Nội: Thông tin và Truyền thông.[18]
• Phạm Thị Hồng Yến (2020). Phát triển kinh tế tập thể, hợp tác xã trong điều kiện chuyển đổi số: Kinh nghiệm quốc tế và thực tiễn tại Việt Nam. Hà Nội: Thông tin và Truyền thông.[19]